Любые услуги в рамках договоров перевозки, транспортного экспедирования, поручения, агентских соглашений (в частности, услуги, предоставляемые сторонними организациями по договорам между этими организациями и предприятиями, предоставляющими транзитные услуги) не освобождаются от обложения НДС по п. 197.8 НК.

Об этом говорится в разъяснениях Государственной налоговой службы №246/7/15-3417-01.

Пункт 197.8 НК освобождает от уплаты НДС операции по поставке транзитных услуг (как при транзите пассажиров, так и при транзите грузов), а также операции по поставке услуг, связанных с транзитом. В соответствии со ст. 1 ЗУ «О транзите грузов», транзитные услуги (работы) – это непосредственно связанная с транзитом грузов (перевозкой транспортными средствами под таможенным контролем через территорию Украины между двумя пунктами или в границах одного пункта пропуска через границу) предпринимательская деятельность, причем обязательно осуществляемая в рамках договоров (контрактов) перевозки, транспортного экспедирования, поручения, агентских соглашений. Согласно ст. 7 того же Закона, соответствующие договоры (двух- или многосторонние) должны заключаться между участниками транзита, а транзитные услуги должны потребляться за границами таможенной территории Украины.

 Поскольку участниками транзита являются, с одной стороны, собственники грузов, с другой – субъекты, предоставляющие транзитные услуги (перевозчики, порты, станции, экспедиторы, морские агенты, декларанты), без собственника груза как одной из сторон договор не будет считаться договором о транзитных услугах и освобождаться от уплаты НДС. 

http://sug.kiev.ua